Unterschied zw. booten von CD und Diskette?

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Hallo!

Das Format einer bootfähigen CD und einer Bootdiskette ist ja unterschiedlich - was ist der wesentliche Unterschied?

Worauf ich hinaus will:
Ich würde gerne übers Netzwerk eine CD booten, um von ihr z. B. Windows zu installieren.

Mein erster Lösungsansatz war, DOS über PXE zu booten und dann über eine Netzwerkfreigabe die Windows-Installation zu starten.
Problem dabei: Ich muss eine nicht DOS-kompatible EXE-Datei starten ("This program cannot be run in DOS mode.").
Wie bekomme ich nun einen anderen Modus als DOS gebootet bzw. eine solche EXE-Datei trotzdem ausgeführt??
Oder noch einfacher eben direkt die komplette CD über PXE zu booten?!