Registry aufräumen??

[Goldeneye]

Hab mir gerade das Tool RegClenaer 4.1 heruntergeladen und installiert. Schaut gut und übersichtlich aus.
Trau mich aber nicht da was zu löschen - deshalb frag ich nochmal beieuch nach.
Darf ich aus der Registrierkarte >Software< die Einträge löschen die sich nicht mehr auf meinem System befinden??
Gilt dies auch für die Karte >Deinstallieren<?? Bitte helft mir da etwas auf die Sprünge.
PS: Hab einen Dualboot von win98/2000 auf meinem System. Besteht die Gefahr das ich was aus der Registry von win98 verändere wenn ich das unter win2000 "aufräume"?? Recht unüblich aber habe beide auf der gleichen Partition.
Das System läuft derzeit recht stabil und ich will es nicht untergraben.