die autoexec.nt und config.nt sind für die DOS-BOX. Hast Du die Einträge Deiner alten Einstellungen mal probehalber übernommen und dort eingetragen (dies hat keine Auswirkung auf Windows! - sondern nur eben auf die DOS-BOX).
Aber Du hast recht, daß die dortigen Einstellungen global für alle DOS-Sitzungen dann gelten. Ist das ein Nachteil?
Ciao Oliver