Mit folgender Steckplatzbelegung und Bioseinstellung brachte ich das System mit SCSI Bootfehler doch noch zum laufen.
Ich denke das ausschlaggebende Kriterium für einen einwandfreien Betrieb in diesem Fall ist nur die PCI Slot Belegung um die IRQ’s richtig zu vergeben.

Mein System:
Intel Pentium 3 500 MHz, 128 MB Ram

AGP Slot AGP Grafikkarte Asus 3800 TNT2 Ultra
PCI Slot 1 frei
PCI Slot 2 Adaptec 2940U2W SCSI Controller
PCI Slot 3 frei
PCI Slot 4 PCI Modem Trust 56Kflex PnP
PCI Slot 5 3Com 905B TX PCI Networkcontroller
PCI Slot 6 PCI Soundblaster 1024 Value

Primary Master IDE Seagate ST36450A 6.4GB HDD
Primary Slave IDE frei
Secondary Master IDE Mitsumi FX320S CD-Rom
Secondary Master IDE HP 7100 CD RW

Adaptec 2940U2W SCSI Controller [alle Einstellungen bis auf Bootdevice 0 auf Bios default]

SCSI ID0 IBM DNES 309170W HDD als Bootdevice
SCSI ID2 HP ScanJet HP5pDevice Class

IRQ Einstellungen vom Bios
IDE Controller 14/15
Serial bus Controller 9
Simple COM controller 9
Mass storage controller 10
Network controller 9
Multi media controller 5
Input device NA
Display controller 11

Danke für die Tips