Also bei mir klappt das wie gesagt tadellos, sogar plattformübergreifend (Win/Lin)
Ich habe einfach einmal den Mail-Ordner aus dem Profilverzeichnis rauskopiert (nix Extensions, nur Mail mitsamt den Unterordnern für die jeweiligen Accounts); dann TB gestartet und in den Kontoeinstellungen den Pfad neu angebenen. Danach braucht's einen Neustart von TB, und es läuft!