Um den bootsector wieder herzustellen, denke ich, dass Du am einfachsten mit einer Supergrubdisk nach dem Kopieren arbeitest.
Auch ist cp -a sicher schlauer als dd, weil nur existierende Dateien unter Beibehaltung aller Attribute kopiert werden. dd kopiert Dir auch den ganzen freien Platz. Die Zielplatte muss mindestens so groß sein wie die ursprüngliche, nur musst Du nacher für den korrekten freien Platz drauf erst wieder fsck laufen lassen.
Ich verwende dd nur für Images (dd if=/dev/sda bs=1M | gzip > /media/sdb1/Sysimage.gz und retour: gunzip -c /dev/sdb1/Sysimage.gz | dd of=/dev/hda bs=1M).
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