Du hast mehrere Möglichkeiten.
Das einfachste ist, Du suchst Dir ein entsprechend passendes MT-Modell, suchst in der aircraft.cfg den LH-Eintrag, kopierst diesen in die entsprechende Zeile in der aircraft.cfg Deines A340-600 und veränderst dann noch in der MT aircraft.cfg so, das sie nicht mehr identisch sind.
Die Zuordnung von Flugzeugen und Texturen zu den Flugplänen erfolgt über genau diesen Eintrag. Deshalb muss er auch absolut identisch so geschrieben sein, inkl. Groß/Kleinschreibung. Also copy'n paste machen.
Auch muss dieser jeweilige [fltsim.x] Eintrag absolut einmalig innerhalb des FS sein. Das prüfst Du am besten mit dem kleinen Tool ACALight 2005:
http://aita2004.pvdveen.net/download.htm.