Wenn dein einziges Problem die längere Startzeit (also auch nur die Wartezeit beim Auswahlmenü des XP Bootmanagers) ist, dann ist die einfachste und sicherste Lösung folgende:

Die boot.ini ist natürlich nicht der Bootmanager, sondern nur eine Datei, die dessen Einstellungen im Klartext speichert.

Öffne die boot.ini mit einem Texteditor und setze "timeout=0" und außerdem "default=d:\win98" (oder entsprechend)

Damit erzielst du das von dir gewünschte Ergebnis.

Den MBR zu löschen, bringt nichts, da nach deiner Beschreibung der Win XP Bootmanager nicht im MBR steht, sondern nur im Bootsektor der entsprechenden Partition.