Du musst gar nichts umstellen. Windows erkennt von alleine, ob es sich um eine 32- oder um eine 64Bit-Anwendung handelt. Einfach ausführen und gut ist.
Welche XP-Version setzt du denn ein? 32Bit oder 64Bit? Und um welche Software handelt es sich denn, die du ausführen möchtest? Vielleicht gibt es mit der Software ja ein grundsätzliches Problem unter Windows XP, immerhin schreibst du ja, dass sie für Windows 98 entwickelt ist. Wie gesagt, die meisten Win98-Anwendungen laufen unter XP, aber halt nicht alle. Dafür gibts dann aber den Kompatibilitäts-Modus, der hat aber überhaupt nichts mit 32Bit oder 64Bit zu tun, sondern mit der grundsätzlich unterschiedlichen Betriebssystem-Architektur von XP und Windows 98 (oder besser gesagt MS-DOS).
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