google bots

[rotkiv]

hallo ihr fachleute,
ich hab da mal eine frage bezüglich google-bots:
ich habe eine shop in einem unterverzeichnis der domain www.lindenapo.info und einen virtual host mit der domain www.apothekenbote.at auf dieses unterverzeichnis.

finden dann die google-bots den shop zweimal? (was schlecht wäre, denn man wird ja heruntergerankt, wenn google ein duplikat findet, oder?),
soll ich dann auf das unterverzeichnis ein noindex in die robots.txt setzen, oder hindert das dann die bots auch, den shop unter apothekenbote.at zu scrawlen?

danke,
lg, rotkiv