Hallo Peter,
auch wenn Du ausdrücklich nicht mich gemeint hast

, kann ich Dir eine Deiner anderen Fragen beantworten.
1. Mit der Übernahme meint er die von FSNavigator automatisch gemachten Autopilot-Settings, nachdem man "Fly FP" aktiviert hat.
Zu der an mich gerichteten Frage: Man wird von ATC immer gleich für die Reiseflughöhe freigegeben, ob man nun in FSNav andere "Etappen" programmiert hat, ist völlig egal. Also habe ich in FSNavigator die Funktion "Altitude - Manual" aktiviert (ich lasse sowieso nur den Kurs von FSNav abfliegen, alles andere regele ich selbst). Dann muss man eben die Höhe und Steigrate manuell im AP regeln und dann ist ATC auch zufriedenzustellen (meistens).
Ebenfalls einen guten Rutsch,
Thomas