Der Autopilot steuert alles oder gar nix, d.h. du kannst entweder alles per Hand steuern, oder alles dem AP überlassen. Meines Wissens ist es auch im realen Flugzeug so, dass der AP sowohl das Heading, die Höhe oder die VS gleichzeitig steuert, oden eben nicht.
Wenn ich mich nicht irre, kannst du nur Autothrottle getrennt aktvieren, die anderen AP-Funktionen jedoch nicht, getreu dem Motto - alle für einen, einer für alle
Den Course-Wähler solltest du mit der Maus an der entsprechenden Stelle ändern können, genauso wie Heading, Geschwindigkeit oder Höhe.