Wenn ich dich nicht falsch verstanden habe, ist's aber eh' klar, dass win2000 die Linux-Partition nicht erkennt! win2000 kann nix mit Ext2 anfangen! Also du müsstest schon mit einem Partitionierungsprogramm à la PartitionMagic ein Stück von deiner Festplatte "abzwacken" und auf FAT(32) bzw. NTFS formatieren, dort kommt dann W2k drauf.
Einen Boot-Manager wirst auch brauchen, schätze nicht, dass der W2k Manager Linux lädt. Lilo oder so heisst der von Linux, der sollte damit zurechtkommen.
Evtl. hier mal im Linux-Forum posten, ist eine Weile her, dass ich mit Linux gearbeitet hab (SuSE Linux 5.x glaube ich
)