Durch die Installierung der Startdateien des 2000er auf die C-Partition ist es sicher keine saubere Trennung, da geb ich Dir recht.
Aber zum normalen Benutzen reicht die Trennung auf alle Fälle, man kann ja, wenn das nicht genügt, einen externen Bootmanager (Wie
Boot-Us) verwenden oder das 2000er auf NTFS installieren, dann ist zumindest das 2000er vorm ME sicher.