Schaue mal hierhin:
http://xml.apache.org/
Xalan & Xerces ist ideal zum Parsen und validieren von XML Files (und nicht der IE, der macht nur Mist). Xalan & Xerces gibt es auch Java Packages, somit kannst Java diese direkt in Java einbinden.
Wennst weiter gehen willst findest noch einige XML Dinge auf der Seite, wie zB. FOP zum erstellen von PDF´s direkt aus Java und XML Files.
Weiters gibt es im JDK ab Version 1.4 die javax.xml Packages.