Servus Sascha !
Gut auskennen - sagen wir mal ich arbeite mich sehr intensiv darin ein...
Die Einstellungen, die du in FSUIPC triffst werden sehr wohl gespeichert (in der FSUIPC.ini). Die Einstellungen von ActiveSky werden ebenfalls gespeichert (wxre.ini).
Auf Grund deiner Beschreibung sieht es so aus, als ob du nicht alle Einstellungen im FSUPIC richtig hättest. Nimm einfach die fsuipc.ini, die im Lieferumfang von ActiveSky dabei ist und kopiere sie in den Modules-Ordner deiner Flusi-Installation.
Bei mir (ich verwende es zur Zeit nur Offline mit der interaktiven Wettergenerierung) gibt es keine extremen Sprünge, wenn das Wetter einen neuen Station geladen wird. Wie schauen denn deine Einstellungen bei den Optionen von Active Sky aus ?