Hi Alexander,
grundsätzlich ist es immer sinnvoll Daten und Anwendungen auf einer anderen Partition oder HDD zu installieren als das Betriebssystem, da so eine erhöhte Datensicherheit gegeben ist.
Hrdwareseitig würde ich immer beide HDDs an einen Controller hängen und sonstige Geräte an den den anderen, da es sonst passieren kann, dass CD-LW (-brenner) die HDDs ausbremsen können, das ist allerdings hardwareabhängig, neuere IDE Geräte vetragen sich da besser.
Es kann vorkommen, wenn CDROM und Brenner an einem Controller hängen ein direktes kopieren von CD nicht möglich ist, allerdings scheint das auch herstellerabhängig zu sein, meine zwei LG Laufwerke sind da unempfindlich.
Zu den Zustzkarten kan ich nicht ssagen, da ich eine solche bisher nie betrieben habe. Ich kann mir aber nicht vorstellen, dass eine solche Karte in einem "langsamen" PCI Slot wirklich richig Performance bringen wird.
Ich hab die Sache bei mir so gelöst, dass ich die schnelle 120GB Platte in mehrere Partitionen geteilt habe. Auf einer kleinen 6GB Partition ist WIN XP + systemnahe Software (I.Net Explorer etc), der Rest ist nochmals aufgeteilt nach Anwendungen, Spielen und insges, 20GB für den FS2002 und die dazugehörige Software.
Eine zweite Festplatte (40GB) ist bei mir nochmals in zwei Partitionen unterteilt, eine 2GB für die WIN XP Auslagerungsdatei und der Rest als Puffer zum Bremmen, Downloadpartition, Datenverzeichnis und für temporäre Dateien aller Anwendungen, so dass z.B. das Entfernen von Cookies etc. kein allzu grosses Problem darstellt und die Daten auch nach einem Totalausfall der Systemplatte noch erhalten sind. Allerdings benötigt es ziemlich viel Zeit und auch ein paar WIN XP Tools um WIN XP alle diese Änderungen "beizubringen".
Ich hoffe, dass sind ein paar Anhaltspunkte für Dich.