[FendiMan]

Also ich finde, das man (fas) alle Programme, die man installieren muss (mit Pfadangabe während der Installation) auch extra für jedes BS neu installieren muss. Nicht neu installieren braucht man nur Programme, die sich durch Aufruf der .exe-Datei starten lassen.
Programme legen ja nicht nur einen Installationsordner an, sondern schreiben sich in die Registrierung und/oder legen diverse Dateien ins Stammverzeichnis.
Aber Du musst ja nicht alle Programme, die Du unter 98 installiert hast, auch am 2000er installieren, oder lösch halt ein paar Programme unter 98.
Warum überhaupt zwei Systeme? Gibt es Programme, die unter 2000 nicht laufen?
Zur Frage mit OE:
Das sollte schon funktionieren, Du kannst (ich glaube) unter Extras > Optionen einstellen, wo Du den Speicherort der OE-Dateien haben willst. Sichere aber auf alle Fälle alle Dateien vorher!