den win98-eintrag in der boot.ini kann man jederzeit löschen ...
wenn du xp auf d:\ installierst hat das auf die unter win98 auf c:\ installierten programme keine auswirkung ... einzige, wenn du unter win98 auf eine andere partition was installierst und diese dann unter xp auf ntfs konvertierst, bekommst du zugriffsprobleme (wichtige regel, bei dualboot-installationen: achte darauf, dass du mit einem betriebssystem keine änderungen am jeweils anderen system vornimmst, ausser es ist unbedingt notwendig
)
soweit ich verstanden habe, möchtest du gleichzeitig mit der installation von xp deine platten-master-slave-konfiguration ändern ... ich würde dies vorerst nicht machen ... xp kann auch ohne probleme in einer anderen partition als der ersten auf der ersten platte installiert werden ... lass alles wie es ist und installier xp auf eine leere partition ...
zur registrierung: ich würde eine telefonische registrierung bevorzugen, da dadurch sichergestellt ist, dass nicht mehr daten als der generierte schlüssel übertragen werden ...
du kannst auch mehrere hw-komponenten austauschen, ohne dass eine neuregistrierung notwendig wird ... und solltest du nicht zu oft eine neuregistrierung benötigen, wird sich ms auch nicht aufregen ...