Also ich würde dir nicht empfehlen, C: komplett zu löschen, auf jeden Fall nicht wenn es deine Systempartition ist, also wenn in Computerverwaltung>Datenträgerverwaltung "(Systempartition)" bei C: steht, bzw wenn auf C: die Dateien BOOT.INI (in der Datei oder bei Eigenschaften von System>Erweitert>Starten und Wiederherstellen kann man übrigens den bootloader abstellen)und ntldr liegen, da diese zum starten von Windows unbedingt nötig sind und es ohne diese nur kompliziert wird .(Bin mir jetzt nicht sicher, obs noch mehr braucht, aber ich weiß dass Win boot.ini braucht um die andere Partition mit Win zu finden (steht ja auch im Klartext drin) und ntldr das Programm ist, welches den NT-Kernel ladet - Deshalb auch der Name "NTLoader")
Mit einer win2k-CD sollte man die Installation aber auch reparieren können, falls man diese Dateien gelöscht hat, bzw man kann sie ja von einer Rettungsdiskette, welche hoffentlich erstellt wurde, retten.
Da Verknüpfungen auf ein anderes Laufwerk umlenken auch mit tools meist nicht ganz funktioniert, würde ich einfach alle Ordner auf C: löschen und C: dann einfach so klein wie nur möglich machen. (Die übrigen Dateien auf c:\ sollten max. 2-3MB ausmachen, auch wenn man wegen Win98 zu viele aufbewahrt hat-->IMHO aber besser als zu wenig Systemdateien
)
Außerdem würde ich dir anraten, alle Operationen in denen man etwas mit der System- oder Startpartition macht, nicht unter Windows sondern von den PartitionMagic-Startdisketten aus durchzuführen.