Ich könnte mir vorstellen, dass der Vorteil einfach nur darin liegt, dass es bei der Deinstallation einfacher ist wenn nur die Dateien gelöscht werden.
Sonst müssten bei der Installation ja die Originalen geändert, als Backup erstellt (Kostet Speicherplatz), und beim Deinstallieren wieder alles zurückgeändert werden.
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