[Mike Sierra]

Ha!
Das kenn' ich!
Exakt dasselbe Phänomen! Meistens (und nur dann, aber eben nicht immer!) beim Wechsel von Programm A (z.B. FS Scenery Manager) zum FlySim.
Schreckt einen ordentlich, dauert aber - gottseidank! - nicht lange.
Ein Laufenlassen des FlySims im "window-ed" Mode hilft da leider auch nichts - genau dasselbe.
Ich weiß, es hilft nicht zur Lösung, aber vielleicht hilft's, daß Du nicht alleine bist!