Hi!
Ich versuch's mal mit ein paar Anregungen:
Eine Frage: Welche Linux-Distribution?
ad Q1*)
Du könntest Dir rsync anschauen, da hier nicht alle Daten sondern nur die Unterschiede synchronisiert werden.
http://samba.anu.edu.au/rsync/features.html
ad Q2*)
Über das Problem hab ich mir auch schon den Kopf zerbrochen (v.a Q2b).
Möglicherweise könnte man das Runlevel 4 dafür missbrauchen, da es normalerweise nicht verwendet wird: Sprich zu startendes Script ins rc4.d verlinken.
Standarmäßig bis in Runlevel 3 booten. Bei Bedarf ein Level höherschalten, oder gleich bei LILO eine Option machen, wenn' geht.
Grüße
Manx