Moin Moin !
Hm, da müssen wir erstmal einiges klarstellen:
Du bekommst ein Motherboard mit integrierten RAID-Controller und 2x 40 GByte Festplatten gleichen Typs (die anderen lassen wir erstmal unter den Tisch fallen <-- aber vorsichtig

).
Es gibt verschiedene RAID-Arten, die alle mit einer Nummer gekennzeichnet sind (RAID0, RAID1, RAID3/4/5, RAID10 usw.). Mit zwei Festplatten macht es nur Sinn RAID0 oder RAID1 zu bilden.
RAID0: Hierbei werden die zwei Festplatten zu einer logischen Festplatte zusammengefasst (Stripe-Set). Sprich aus Deinen zwei 40 GByte Festplatten wird eine 80 GByte Festplatte. Sehr gut ist hierbei der Datendurchsatz (Geschwindigkeit), mit der Ausfallsicherheit sieht es aber sehr schlecht aus. Sollte eine Festplatte ausfallen, sind die gesamten Daten beider Festplatten weg.
RAID1: Hierbei werden die Daten auf beiden Festplatten gleichermaßen gespeichert (Mirroring). Die zweite Festplatte ist sozusagen das Ebenbild der ersten. Die Schreib-Geschwindigkeit beträgt hierbei aber nur noch die Hälfte einer Festplatte, die Lese-Geschwindigkeit kann aber sehr gut sein, wenn der Controller gleichzeitiges Lesen von mehreren Festplatten zuläßt. Die Ausfallsicherheit ist hier aber schon gut, wenn eine Festplatte einen Defekt aufweist, hast Du die Daten immer noch auf der zweiten.
Zu Deiner Partitionierungsfrage: Ich bevorzuge immer mehrere Partitionen. Eine für die Systemdateien (OS) und weitere Partitionen für Daten und Flusi oder andere Betriebssysteme. Einen Geschwindigkeitsverlust hast Du dabei praktisch nicht (okay theorethisch schon, aber der ist minimalst und vernachlässigbar). Der virtuelle Speicher sollte sich aber auf der schnellsten Festplatte befinden, da es sich hier ja um ausgelagerte Dateien handelt, die so schnell wie möglich wieder ins RAM müssen.
Hoffe, geholfen zu haben.
CU
Stephan