Hast du alle notwendigen RPM Pakete (GD, Freetype usw.) installiert?
Warum nimmst du nicht gleich RPM Versionen anstelle alles neu zu kompilieren?
Auf der Red Hat Website bzw. Red Hat Network bekommt man aktualisierte Versionen der alten Pakete. So enthält z.B. Apache 1.3.23-14
ftp://updates.redhat.com/7.3/en/os/i...23-14.i386.rpm sämtliche Sicherheitskorrekturen aus 1.3.26 usw.
Einzig PHP würde ich neu kompilieren da dort wirklich neue Funktionen gegenüber 4.1.2 eingebaut wurden.