Nein, hängt nicht mit NTFS zusammen. Außerdem hats auch nicht allzuviel mit der Startdisk zu tun.
Wie alt ist denn die Platte?
Kommt auf die Anzahl der defekten Sektoren an, obs überhaupt noch Sinn macht, die HDD weiter zu verwenden. Eventuell könnte eine Low-Level Formatierung noch helfen, wenns sonst nicht geht. Entsprechende Tools findest von verschiedenen Herstellern, kannst aber eh jedes nehmen ->
www.maxtor.com oder bei
www.heise.de in der Download-Rubrik.