Viele diese Tools erstellen meist eine Diskette die bootfähig ist (nur das von IBM weiß ich nicht).
Wenn das keine Bootdisk ist, lade dir eine Image-Disk von
www.bootdisk.com und kopiere das Tool dann drauf.
BTW, mir scheint, du hast da eher ein SCSI-Terminierungsproblem!
Einen möglicherweise ähnlichen Fall hatten wir hier bereits hier. Da wurde auf der Kiste anstatt W98 W2k installiert ohne Änderungen an der HW. Trotzdem hatte W2k Probleme mit den SCSI-Devices. Nach einer Kontrolle des Users hat sich dann herausgestellt, das mit der Terminierung wirklich was nicht in Ordnung war.