Zu der halbtransparenten Hälfte: Das Problem entsteht, wenn man in gmax Teil mit der Funktion "Mirror" kopiert. In gamx sieht das kopierte Bauteil in Ordnung, aber die der Konversion geht etwas daneben und in FS2002 sind die Polygonen geflippt. Sie in gmax "umzuflippen" nutzt leider nicht. Warum es so ist, weiß keiner. Die andere Methode ist besser.
Zu dem Loch: Vermutlich hast du beim "boolen"

nicht auf "Subtract" sondern auf "Cut" geklickt.
Die Orientierung des Modells hat mit den Namen der Bauteilen nichts zu tun. Du hat es einfach verkehrt gebaut. Markiere alle Bauteile und drehe alles um 180°. Dann klappt es.