die fat paritition mußt aber killen. normalerweise hast mehrere möglichkeiten (kA wie es bei suse ist)
installation von lilo/grub in mbr
installation von lilo/grub in die root partition (dann wäre in deinem fall ein zusätzlicher bootmanager notwendig)
erstellen einer bootfähigen diskette (fade gschicht)
ich würde lilo/grub in den mbr installieren. bei suse sollte auch gleich w2k miteingebunden werden.
wenn du lilo wieder los werden willst, einfach mit einer dos bootdisk starten und "fdisk /mbr" eingeben. danach mit fdisk die w2k partition wieder auf aktiv (bootbar) setzen.
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