Hallo Venkman,
ui, da hast Du mich aber am falschen Fuß erwischt

+ großes Schähm!!!!
Da kann ich Dir nichtmehr weiterhelfen; sowas Großes hab ich auch noch nie gemacht.
Ein Freund von mir hat seine Diplomarbeit auch so kompliziert aufgebaut und das Problem dann so gelöst, daß er jedes Kapitel neu ausgedruckt hat und jeweils die Nummerierung bei jedem neuen "Anfang" neu begonnen hat. Sprich: Kapitel 1 Seiten bis z.B. 14, Kapitel 2 dann bei Seite 15 begonnen. War recht mühsam, hat aber funktioniert, nur Indices hatte er keine.
Vielleicht gibt´s eine Hilfe für Word, scjon mal unter Google geschaut.
lG
Christoph