Die Applikation soll auf dem (Linux-)Server laufen und die Clients sollen nur das GUI über das Internet bekommen?
Wenn es einen X-Applikation ist, kannst Du das über X und ssh-portforwarding lösen:
http://csociety.ecn.purdue.edu/~sigo...sh/forwarding/
Oder via Tight-VNC?
http://www.tightvnc.com/download.html