Ist die W2K Partition eine primary oder eine extended?
Die beiden Partitions müssen primary-partitions sein, dann müsste die eine C: und die andere D: zugeordnet bekommen.
Normalerweise werden beim Vergeben der Laufwerksbuchstaben zuerst die primary-Partitions aller Disks und dann die extended-Partitions verwendet. Warum hier allerdings das CD-Rom dazwischenkommt ist mit nicht ganz klar
Ich glaube mit Partition Magic kann man auch Partitions verschieben (extended -> primary) ohne dass die Daten verlorengehen. Ob dann allerdings W2k noch startet bin ich mir nicht sicher.
Also am besten neu partitionieren und dann neu installieren (oder auf bessere Tips warten

)