Hallo nochmal,
ad 2. Normalerweise hält root für die Rechte beim Hochstarten hin, aber schau - wie schon citizen428 geschrieben hat - mit dmesg mal genauer nach.
ad 1. Wenn es dir nur um den Routing-Eintrag geht:
mit "route add [Zielnetz] [Gateway]" (Achtung: grobe Syntax aus dem Kopf
trägst du zwei manuelle Routen (fürs jeweils andere Netz) in die Routing-Table ein. Willst du das fix machen, dann ist routed.conf die richtige Wahl. Hier empfehle ich auch "man routed". ABER: so wandern nur Pakete zwischen den beiden Netzen hin und her, NICHT aber ins Internet - für das benötigst du weiterhin ipchains mit der MASQ-Option.