Zur ersten Frage: Kann ich leider nichts dazu sagen, da ich mir das Personal Firewall Skript noch nicht angesehen habe.
Zur zweiten Frage: Da wird über das Skript /etc/init.d/idedma der DMA-Modus für alle Laufwerke aktiviert. Da du zweimal "Permission denied" bekommst, schaut so aus, als ob du zwei Laufwerke (CD+HD) in deinem System hast. Versuch den DMA-Modus manuell mit "hdparm -d 1 /dev/hda" zu starten, wenn das nicht geht, dann hat's was mit den Berechtigungen.
Hast du in der rc.config die Systemsicherheit von "easy local" auf etwas höheres verstellt?
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