Hab's eben mit TweakUI versucht, leider hat's nicht geklappt...
Ich vermute, dass irgendwo im System ein File herumliegt, in dem die verschiedenen Systembuttons abgelegt sind. Wenn man's entfernt, sollte sich Windows von der Win98SE-CD die nötigen Infos neu holen.
Mit dieser Methode hab' ich jedenfalls schon irgend wann mal Icons auf meinem Desktop repariert.
Leider hab' ich keine Ahnung, wie dieses File heißen könnte...
PS: TuneUp ist leider keine Freeware.