mit dem Betriebssystem würde ich die Formatierung machen, vorallem die NTFS Forumatierung
Zum Partitionieren empfehle ich
Ranish Partitions Manager oder
XFdisk.
Ich würde so vorgehen:
eines der beiden Tools hernehmen, die Platte wie gewünscht partitionieren und mit Fat32 formatieren, auch C:
beim Installieren von Windows (2k nehme ich mal an) dann die Platte auf NTFS konvertieren.