Die beste Lösung ist Boot-Magic. Wenn du eine dritte primäre machst und da das Bootmagic reinspielst (siehe Doku) dann hast du beim Start immer den Auswahlbildschirm, welches System du haben willst. Die jeweils nicht gewählte primäre Partition wird unsichtbar gemacht und die Troubles mit dem Laufwerksbuchstaben sind gelöst. Weil ohne FAT32-Treiber(WinNT) bzw. NTFS-Treiber(Win98) kannst du sowieso nicht auf das jeweils andere System zugreifen. Ein verschobener Laufwerksbuchstabe mit 0Byte ist leider immer noch vorhanden. Ich nehme mal an, du hast eine NTFS-Partition erstellt - was sinnvoll wäre.