Ich habe mir die Beschreibung durchgelesen und glaube, daß das Problem darin liegt, daß das Windows die Fat-Partitionen als erste benötigt. Wenn Du in der Mitte noch Linux- oder NT-Partitionen hast, findet das Windows seine Laufwerke nicht mehr ! Nt und Linux haben umgekehrt kein Problem, wenn vorher eine Fat16 oder Fat32 Partition ist.
Also sollte die Endkonfiguration so ausschauen:
1. Primary Fat 16
2. Windows
3. Linux
Um jetzt einen ganz einfachen und schnellen Test zu machen: Lösche einfach die Linux Native und Linux Swap Partitionen, aber hier solltest Du nichts verwechseln, weil das Löschen einer Partition ziemlich schwerwiegend ist. Schau einmal, ob jetzt das Windows wieder funktioniert oder ob Du zumindest mit einer Windows-Startdiskette die Daten wieder siehst. Sag einfach bescheid, was passiert ist...