Das klingt nach einem Mißverständnis - Linux (zumindest SuSE) möchte bei der Installation automatisch den LiLo (Linux Loader) als Standard-Bootmanager einrichten. Das kann man aber verhindern bzw. einfach nicht tun und Linux ins NT-Bootmenü (oder ins Powerquest BootMagic-Menü) einbinden. Alternativ ist es möglich, Linux über "Loadlin" (meist auf der ersten Linux-CD oder im Internet zu finden) aus Windows heraus zu starten - dazu muß man aber den Kernel auf die Windoes-Partition kopieren.
Wirklich empfehlenswert ist die Einbindung in den Bootmanager - das geht auch bei NT recht gut.
Hope it helps
cmp