Hallo Dieter,
das ist eigentlich gar nicht so schwer.
Ich nehme an, daß Du das C-Laufwerk mit Fat16 <= 2 GB erstellt hast ?
Wenn Du im Dos booten kannst, kannst Du das \winnt\i386 z.B. auf c:\stage\winnt\i386 kopieren. Dann kannst Du von diesem Verzeichnis aus die Disketten-lose Installation starten: "winnt /b /s:c:\stage\winnt\i386". Du kannst damit auch die D-Partition löschen und neu erstellen. Dann sagst Du ob Du mit FAT oder NTFS formatieren willst.
Wenn Du kein Dos mehr im Dual-Boot hast, startest Du eben von den Installations-Disketten. Es müsste dann auf C: eine schreibgeschützte Datei boot.ini entstehen. In dieser sind die Boot-Menü-Optionen eingetragen. Wenn Du dann doppelte Einträge fürs NT kriegst, kannst Du diese rauslöschen, mußt aber vorher den Schreibschutz aufheben. Ich hab in einer Zeitung gelesen, daß der Installer die Boot.ini auch auf D: legt, wenn er zur Installations-Zeit nicht auf C: zugreifen kann, das habe ich aber noch nicht ausprobiert.