stabil laufen tut beides (ordentliche konfiguration und installation vorausgesetzt)
was wichtiger wäre bei nem server:
-wie lange "darf" er down sein (zb ein defektes mainboard,...)
-wer macht bei so nem fall das service?
-wer besorgt die ersatzteile?
ein server läuft ja oft länger als 1-2 jahre, also solltest in 2 jahren auch noch schnell ersatzteile bekommen. bei ner eigenbau kiste schauts da ja eher schlecht aus, bei zb ner ibm kiste hab ich das teil in max 24 stunden (oder länger je nach vertrag) wurscht wo (weltweit)
die wahl des prozessors und des mainboards ist eigentlich keine preisfrage, das zeug kostet ja nix verglichen mit nem ordentlichen gehäuse, scsi raid controller, mehrere scsi laufwerke, bandlaufwerk, servernic,...
privat würde ich auf amd setzten, preislich ist aber kaum noch ein unterschied (xp kostet nicht viel weniger als ein p4) nur ist mir der p4 viel zu langsam in rc5

(ein duron800 ist schneller

)