Zur Erklärung:
. steht für das aktuelle Verzeichnis
.. für die darüberliegende Verzeichnisebene
Wenn du jetzt ein Programm starten willst wird zuerst in den Systempfaden (die siehst du wenn du in der Shell echo $PATH eingibst) gesucht, wenn es dort nicht gefunden wird kommt eben dieses "Command not found". Beginnt der Aufruf aber mit
./ wird im aktuellen Verzeichnis gesucht. Alternativ kannst du ein Programm von überall im Dateisystem mit dem vollständigen Pfad aufrufen, wie eben im Beispiel
/etc/rc.d/init.d/apache restart
HTH,
citizen428
[Nachsatz:]
Immer als root arbeiten würde ich mir nochmal überlegen, auch wenn du allein auf dem Rechner arbeitest. Das Sicherheitskonzept von unixoiden Systemen ist eigentlich recht ausgeklüglet, warum sollte man das selbst sabotieren

? Wenn du als "normaler" User Dinge tun willst die eigentlich root vorbehalten sind gib mal in der shell su ein...