Das Problem hat sich nun folgendermaßen aufgelöst:
Ich habe von der nicht mehr funktionierenden W98 Parition (war weder bootfähig noch ist windows hochgefahren) mit PQ Drive Image 5.0 ein image gemacht, habe dann die W98 Partition formatiert und danach das image (mit disk verify funktion) zurückgespielt ... und siehe da, das W98 läuft wieder
ich versteh die welt nicht mehr ...