Win9x braucht eine primäre Bootpartition. Darum mußt du die Fat32 Partition in eine primäre verwandeln.
Mit Win9x Bootdisk(cd) starten, mit Fdisk logisches Laufwerk löschen, Erweiterte Partition löschen, neue primäre Partition erstellen, ALS AKTIV MARKIEREN, formatieren und Win9x installieren. (Normalerweise kann man mit Fdisk nur eine eine Primäre Partition erstellen, aber Win9x kennt keine Ntfs-Partition darum ist dieser Weg möglich)
Der Pc bootet dann von der Partition die als AKTIV markiert ist.