Zu deinen ersten Fragen:
Viele Programme für den FS98 wurden in der Zwischenzeit upgedated, sodass sie auch für den FS2000 funktionieren. Dynkit beispielsweise gibt es meines Wissens auch für den FS2000.
Welche Programme zu empfehlen sind, hängt davon ab, was man machen will. Möchtest du Sceneries erstellen, so empfehle ich beispielsweise Airport 2.6.
Wie das mit den Texturen ist, weiss ich jetzt nicht so genau. Aber ich glaube die müssen die Endung .r8 oder .bmp besitzen. Und die Farbe Schwarz (RGB: 0,0,0) muss als tranzparent definiert werden. Notfalls kann man das ja ausprobieren, indem man eine FS98-Textur ins FS2000-Texture-Verzeichnis kopiert und sich die Sache dann im Simulator ansieht. Wenn's geht, geht's. Wenn nicht, geht's nicht
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Das war jetzt für den IE6, aber bei den älteren Browsern ging das, glaube ich, genauso.