Hallo grizzly,
versuchs mal mit
demTotalCommander; dort unter "Befehle" die Zweigansicht (mit Unterverzeichnissen) aktivieren, damit werden alle Dateien ohne Überverzeichnisse angezeigt. Diese alle markieren und in eine gewählten Ordner im zweiten Fenster kopieren.
P.S.: Die Testversion kannst Du 30 Tage nutzen.
Ich verwenden den demTotalCommander seit viiiielen Jahre und möchte ihn nicht mehr misssen, die € 37,- ist er allemal wert.