Sofern mit den Standardeinstellungen die Mails abgerufen wurden, sind die Mails vom Server weg und wurden lokal (sprich auf deinem PC) gespeichert. Löscht du nun das Konto, sind somit auch die Mails weg. Vielleicht hast du aber mit dem hier Glück:
http://www.thunderbird-mail.de/forum...p?f=27&t=59714 bzw.
http://www.tecchannel.de/sicherheit/...derherstellen/
Zu deinem ersten Problem wäre ein Screenshot hilfreich.