Man geht so vor, dass man im alten userprofil (Du schreibst nicht, welches System das alte war!) nach dem Profilordner vom Thunderbird sucht. Ebenso sucht man den neuen Profilordner. Dann wird alles im neuen gelöscht und der alte reinkopiert. Wichtig ist dabei, nicht den Profilordner und das entsprechende file, in dem dieser Ordner für Thunderbird eingetragen ist, zu löschen.
Genauer, aber auf Englisch:
http://kb.mozillazine.org/Moving_your_profile_folder