[lalaker]

Scheinbar nutzt du nur die Intel-SATA-Anschlüsse, das ist schon mal eine gute Entscheidung.
Die 2. HDD wird also schon vom Bios manchmal nicht erkannt, funktioniert aber alleine problemlos?
Ist das Problem plötzlich aufgetreten oder seit dem ersten Einsatz/Zusammenbau?
Stell die Bootreihenfolge so, dass die Samsung die erste HDD ist und streich am besten allen anderen Bootmöglichkeiten.