Wie groß sind die Festplatten?
Hab bei Knoppix die Erfahrung gemacht, dass es Probleme gibt, wenn nicht die alte Partition table verwendet wird. (Welche nur bis zu 2TB unterstützt)
Habe mir vor kurzem selbst über diesen Fehler geärgert, weil ich bei einer Platte mit fdisk die Table ändern wollte, aber ständig die Meldung kam, dass die Platte eingehängt ist, obwohl sie es nicht war.
... Gott sei dank gibt es dd ... was in deinen Fall nicht empfehlenswert wäre.
Würde eher probieren ntfsclone zu verwenden um die Daten auf eine externe zu sicher.
http://linux.die.net/man/8/ntfsclone
Ist bei Knoppix glaube ich vorinstalliert.